复杂环境科学探测研究所围绕深空探测、临近空间网络、载人航天等国家重大战略需求，瞄准“复杂网络协同探测与控制”战略科研新方向，建设国家重大科技基础设施、新兴交叉学科建设机构和创新人才培养基地。

近三年承担了自然基金委基础科学中心、JKW重大基础研究、国家重点研发计划等项目30余项，总经费7000余万元。在谐振式传感器与应用、石墨烯微纳传感器、临近空间原位探测、弱光与多光谱智能检测、脑电信号感知与脑机控制、物联网感知与信息传输等领域取得了一系列突破性进展，近三年发表论文120余篇，授权专利30余项。在张军院士的带领下，研究所形成了多层次人才梯队，现有国家高层次人才计划2人，高层次青年人才计划2人，优秀青年教师5人。研究所将建立国际领先的集科研、平台、人才、工程、服务五位一体建设体系，实现“复杂环境科学探测”国家重大科技基础设施和创新人才培养基地的双轮驱动。